아틀란티스 제국의 문명이 정점에 도달했을 무렵. 신비롭고도 막강한 힘을 이용하여 세계를 재패하려던 아틀란티스인들은 무모한 야욕으로 인해 바다 속으로 침몰하게 된다. 그로부터 오랜 세월이 흐른 뒤, 지도 제작자이자 언어학자인 마일로 싸치는 탐험가였던 할아버지에게 말로만 전해듣던 '목동의 일지'를 발견하게 된다. 사라진 아틀란티스의 위치가 기록된 이 고문서는 잃어버린 제국을 찾을 수 있는 열쇠를 제공해주는데...괴짜 억만장자 휘트몽의 경제적 지원을 약속받는 싸치는 각종 전문가들과 함께 아틀란티스를 찾기 위한 탐험에 나선다. 최첨단 탐사정 '율리시즈'의 완공에 의해 해저탐사도 일사천리로 순조롭게 진행되지만 바다 속에는 그들이 상상하지 못한 위기상황이 가득한데...과연 신비의 제국 아틀란티스의 비밀은 밝혀질 것인가?

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